Никаким отдельным бюджетом в данном случае и не пахнет.
ДЛС вышедшие после релиза игры всегда делаются с отдельным бюджетом. Ты знаешь что вообще такое бюджет? Он всегда выдается в самом начале разработки игры, а потом распиливается. Распиливается на диалоги, на геймплей, на квесты и т.д. В общем на весь игровой контент который мы увидим в игре когда она выйдет. Разрабы работают, делают квесты и геймплей. А потом выясняется что они вышли за рамки бюджета игры. Квестов сделали и диалогов написали больше чем актером озвучки заплатили за озвучку. Актер озвучки не будет озвучивать больше текста чем ему заплатили. заплатили озвучить 100 строк диалога, он столько и озвучит. не больше и не меньше. А по скольку октеру заплатили за озвучку 100 строк, а сценаристы для него написали 150, то, тогда они начинают резать игру. Вырезать целые квесты и сюжетные линии. Урезают многие диалоги и т.д. До релиза доходит лишь маленькая часть того что было в игре изначально. так происходит всегда. Разрабам приходится убеждать издателей что вот этот вот кусок игры очень важен и этот квест нельзя вырезать. если им удается это сделать то им повышают бюджет и они не вырезают этот кусок игры и мы видим его в игре. Если же нет то они его вырезают.
затем после выхода игры процент от тиража игры (это и есть бюджет будущих послерелизных ДЛС) идет на разработку и доработку идей которые разрабы из за бюджета не смогли реализовать во время разработки игры. Вот и все.
МЕ - да. А вот чтобы не заметить изменения в восприятии сюжета МЕ3 без Явика и Левиафана и расширенных концовок... то тут, как минимум, нужно было вообще в игру не играть. Или эти "дополнения" в живую не видеть ни разу. А вот Омега и Цитадель с сюжетом вообще никаким боком не связаны. Тут соглашусь, их действительно делали отдельно и они в самом деле "на любителя" - есть деньги - покупай, нет - интернет в помощь))). Или просто пройди мимо. Но в целом на ситуацию это никак не влияет.
То что с Явиком и Левой есть изменения в восприятии сюжета игры это как раз таки полная заслуга сценаристов потому что они смогли грамотно врезать Явика в сюжет основной компании. Это не говорит о том что он был вырезан, но его делали в тот период когда игра была на стадии тестирования. то есть в этот период в игру уже нельзя было добавлять новый контент, по этому они выпустили его уже в виде ДЛС. А Лева, так это вообще скорее всего одна из идей на которую не хватило ресурсов и бюджета во время разработки игры. без него игра не выглядит разорванной. по сути про лев еще в конце Каталист говорит. В ДЛС Лва мы нам просто показывают точку зрения Лев на все это и то почему они создали Каталиста. Но без Левы в игре абсолютно нечего не меняется.
Сюжетные ДЛС не так много компаний разработчиков выпускают а многие из них делают их в виде аддонов. Другая проблема это что в мульте половину карт намерено вырезают. Как например в Батле. В 4 Батле вообще в обычном издании всего 4 карты и транспорта всего нечего. А за преимум дается 4 карты которые были вырезаны из игры просто для того что бы игрокам купившим премиум доступ были хоть какие та плюшки относительно тех кто взял обычное издание игры. Это куда хуже чем сюжетные ДЛС. Сюжетные ДЛС грамотно врезаются в сюжет игры и общую конву повествования что бы не казаться чужеродными кусками в игре. Отсюда и восприятие, что мол они изначально были в игре, но их перед релизом вырезали что бы продать потом. Хотя некоторые сюжетные куски действительно вырезают, но их вырезают еще на ранней стадии разработки из за недостатка бюджета. И когда их вырезают они находятся просто на уровне идеи и небольших сюжетных зарисовок.
. Козырный набор свистоперделок есть, ждём ДЛК первого дня... стоимостью в пол-игры 
. Или ME3, где ДЛЦ очень даже нехило помогают понять суть происходящего... 
. Мавроди апплодирует стоя 
.
.
