Надпись LOOKUP FAILED из-за отсутствия русских стрингов (а точнее, Update_Russian.STRINGS и Update_Russian.DLSTRINGS), а вовсе не из-за ехе-файла. Сейвы от неправильного названия битыми не станут, просто при их именовании движок пытается прочитать название локации из файла локализации, и когда нужная строка там отсутствует, появляется эта надпись.
Другое дело, что неизвестно, как будет себя вести игра с новыми файлами данных и старым ехе. Судя по комментариям здесь - совершенно непредсказуемо. Кстати, сейвы, сделанные при таком взрывоопасном сочетании (файлов с данными и исполняемого файла, имею в виду), очень возможно, что окажутся битыми.
А точно, что на русской версии ехе не обновляется через Стим, а остальное - обновляется? Очень странно как-то...
Чтобы избежать таких "недо-обновлений" до бета-патчей, это можно отключить в настройках Стим.