Извиняюсь! Прозевал Ваш вопрос... Но возможно еще не поздно ответить...
------------------------------------------------------
1) Нет, другого метода нет. Именно так - снять флажок с пункта "Balo", а заодно с пункта "Запретить изменение дат". А потом вручную, лучше прямо в папке "Data", удалить все файлы начинающиеся на "++".
2) Применять одновременно не получится. Это две разные стратегии сортировки.
В целом, Вы правильно сформулировали принцип их работы. Отсюда и нюансы работы с ними.
BOSS предоставляет профессиональную помощь в сортировке уже "изученных" плагинов. Это незаменимо при установке нескольких популярных глобальных модов (ООО, МММ, FCOM). Но охватить все моды BOSS не в состоянии... Поэтому, каждый раз, внизу списка он оставляет "неопознанные" моды для ручной расстановки. Иногда этот список равняется половине списка Ваших модов и тогда это "заморочно". Причем, это "заморока" повторяется всякий раз, после сортировки BOSS...
Иная стратегия у Balo. Здесь предполагается самостоятельное присвоение групп и их автоматическая сортировка. Это позволяет получить четко структурированный список, легко "читаемый", и "зафиксировать" его, а также легко расставлять все новые моды. Но эта система требует от Вас четкого представления, что за мод Вы устанавливаете.
Какой из этих методов лучше, сказать трудно. Но сортировку BOSS можно смело рекомендовать начинающим игрокам, и всегда при установке глобальных плагинов... А вот Balo, пока, рекомендуется для продвинутых...
3) Если Вы используете Wrye Bash, положитесь, в вопросах импорта, на него. Он все это делает автоматически, при создании Bashed Patch. Просто дайте ему эту возможность... (выделить все моды и отметить пункт "Пометить объединяемые...")
После
"Объединение патчей", становится возможным импортировать отдельные его категории. И тут рекомендуется пройти по всем разделам и проставить флажки для этого мода.