Ну правильно ты же всё снёс, а сохранёнку оставил со старой версией Skyre? А там внимательно надо версии обновлять и уж точно не пойдёт старая сохранёнка на заново установленный скайрим. На твоём месте, я бы начал новую игру.
P.S. Попробуй установить старую версию Skyre, а уж потом её обновить, тогда всё должно быть нормально)