Это баг, связанный с мирным решением квеста. На скайримвики есть решение этого бага.
В случае если вы принесли побег, то можете столкнуться с багом. Модель старого дерева наложится на модель нового дерева (побега/ростка).
Решение — сделайте следующее: стоя перед деревом, откройте консоль, кликните по стволу старого дерева, напишите в консоли "MarkForDelete" без кавычек, сохраните игру, и загрузитесь.