У меня тоже самое было с неделю назад. Не помню зачем я ставил пиратку, что-то хотел проверить. Короче из-за нее я влетел в такой баг (на своей лицензии в стиме), что даже вспоминать не хочу :suicide:
Проблема в том, что обе игры берут SaveGame из одной папки (Documents\My Games\Skyrim) попутно подхватывая фаил "SkyrimPrefs", который у меня кстати был серьезно изменен "под себя". Мне кажется в этом главная проблема.
Короче если ставить пиратку, я бы посоветовал поставить на другой жесткий диск и нужно изменить как-то путь сохраненных игр (если это вообще возможно).
Как вариант можно попробывать создать в Windows второй профиль и там расположить пиратский Скайрим.