Ну во 2-й части этот самый "конфликт" лбыл совсем вяленький и помелькал только под конец в личном квесте Тали. В третьей- аналогично, жнецы рассматривались скорее не как синтетики, а как некая "враждебная раса". И только под конец (опять же в кварианских квестах" + Левиафин) начало что-то такое маячить, похожее на конфликт.
В общем - тема осталась недораскрытой. Случайно или намеренно, она оказалась второстепенной, уступающей даже вопросу "с кем в этой части переспит Шеп?!".