Все просто. Кликаешь в WB на неизвестный BOSS-у мод, который ты хочешь отсортировать и в ранее упомянутом правом окошке написан весь перечень его мастер-файлов. Главное условие здесь - чтобы плагин всегда стоял после своих мастеров и до Bashed patch, 0.esp.
Остальное дело вкуса. Например, если у тебя стоит два плагина и никакой из них ты не намерен удалять, но при этом они оба затрагивают один аспект игры (скорость атаки/урон/размер груди), нужно поставить тот плагин ниже, который для тебя приоритетнее, поскольку его изменения загрузятся поверх вышестоящего. Однако, лучше с этим не шалить, особенно с реплейсерами и различными графическими модами.
К примеру у меня реквием очень сильно изменяет механику стрельбы - сильный разброс стрел и т.п., но я люблю поснайперить, поэтому я поставил плагин Proper Aiming в загрузчике после реквиема. Как-то так.
И кстати, BOSS не есть краеугольный камень твоего порядка загрузки. Он всего лишь раскидывает плагины в дружелюбном порядке. Некоторые плагины лучше переставлять по-вкусу. Конечно, если ты уверен что делаешь.