Ставил неофициальные патчи 2.1.0. Точно не помню, перед или до, ставил текстурные паки на пещеры и городскую архитектуру.
 
Теперь сам смотри, в чём проблема возможна. 
Пробуй патч откатить и оптимизировать текстуры. 
 
Компаньоны, это понятно, там может и одежда и прочие текстуры быть, которые сильно грузят железо.
 
Чтобы в сохранках такая бяка прописалась, чтобы нагрузку такую давала, как-то маловероятно.
 
Ещё, можешь попробовать ini сбросить на стандарт (оба). Не будет разницы совсем, вернёшь на место легко старые, если не удалять, а просто перекинуть в другую папку.
 
А что по бухте, там отписался или Кинг уже не заходит туда тоже?
 
Я заметил, чем больше NPC в локации, тем хуже.
Ну, это так всегда было. Чем больше нпс, тем сильнее фпс падает. Warzones вспомни, у многих железо его не выдерживало.
Плюс, ты ещё ретекстуры и реплейсеры поставил наверное, которые нпс затрагивают.
 
Ну вот, учитывай теперь, что тут текстуры, там текстуры, это заменил и то, вот и железо не выдерживает.
 
Пробуй всё-таки оптимизатор, не бойся. Откат нормально делает, ничего не потеряешь.