Вообщем путем прочтения горы еу форумов и компиляции различных советов я нашёл способ запускать нормально стим версию, без сбрасывания Shaders3.0, с рабочим стимом, FNV4GB, рабочим нвсе и ENB, распишу это, мало ли кому понадобится.
1. Устанавливаем игру через Steam.
2. Ставим все необходимые моды, ENB, делаем инвалидацию.
3. Ставим последнюю версию NVSE и последнюю версию FNV4GB.
4. Запускаем игру через стандартный лаунчер, выставляем нужные настройки графики для ENB, далее жмем играть, загружается меню игры и выходим.
5. Ставим в Fallout.ini данное значение bAllow30Shaders=1
6. Делаем ярлык для FNV4GB на рабочем столе или где вам удобно (Игру будем запускать через него, NVSE выдает Application error если стим запущен не от Админа, если стим запущен от Админа - он запускает стандартный лаунчер а нам это не нужно.) открываем свойства и прописываем в объекте -SteamAppId 22490 у меня в итоге выглядит так "C:\Program Files (x86)\Steam\steamapps\common\Fallout New Vegas enplczru\fnv4gb.exe" -SteamAppId 22490
7. Запускаем игру через FNV4GB и выходим, теперь мы видим что в корне игры появилась папка exes, копируем в нее d3d9.dll от вашего ENB.
8. Теперь запуская игру через FNV4GB мы можем спокойно играть, ни чего не сбрасывается если вы сами не откроете лаунчер через стим или корень игры, ENB, NVSE и Steam Overlay работают.
Приятной игры!