У меня была такая ситуация, когда мод был включен в уровневые списки с помощью wrye bash, но в лаунчере игры в файлах был включен только патч баша, в то время, как моды были отключены. Когда сделал активными и их, то все стало нормально. Патч баша, естессно, последний в списке загрузок.