1. Лучше используйте Wrye Bash , инвалидизация не нужна
2. BOSS'ом пользоваться очень желательно
3. я , в ручную , ничего не прописывал и всё работало
4. ставите моды через WB и запускаете BOSS , те что он опознает он расставит сам .
UpD. Если возникнут вопросы по работе Wrye Bash'а спрашивайте в этой теме : http://tesall.ru/topic/7884-wrye-bash-i-skyrim/page-14 , профессор Umbakano-jr вам непременно поможет .