И еще как! Ведь игра считывает файлы, руководствуясь информацией из мода, где прописаны пути к этим самым файлам. И если в пути к текстурам указана папка "Textures", а вы спрятали их в "Textures2", то игра, попросту не найдя файлы на положенном им месте, оставит модели, требующие текстуры "голыми".
Так что вам надо просто скопировать содержимое "Data" из папки с модом в "Data" из папки с установленной игрой и подтвердить полную замену файлов: "Да, для всех". После чего "textures2" можно спокойно удалять. =)