Изначально Инквизиция была самостоятельной организацией, которая не зависела от церкви, но вскоре было принято соглашение, по которому Инквизиция распадалась на Храмовников, которые служили церкви, и Искателей (которые, я так понимаю, имели больше самостоятельности).
В самом начале, конечно же, вряд ли маги могли входить в Инквизицию - может, только единицы. А теперь настал совсем глобальный армагедец, так что подключать надо всех, кто есть.