1. Если игра куплена в стиме, достаточно удалить Data и пересчитать кэш.
2. Собственно, чем он мешается, если для того чтобы увидеть контент данного длц, нужно пройти цепочку действий связанных с квестами в холдах?
3. В чём проблема? Засунул в 7z, установил Mod Organaizer'ом.
4. Та же ситуация что в третьем пункте. Он идёт как обычный мод, просто после каждой замены анимаций в файлах игры, юзаешь утилиту (в которой надо кликнуть по БОЛЬШОЙ кнопке и подождать)
5. Легко решается с помощью MO. Держи все свои плагины под контролём, падаван.
6. В принципе, ничто не мешает почистить сейв от всех плагинов и скриптов каким-нибудь SKYRIM Save Cleaner'ом.
Ну, описанное тобой очевидно в случае установки некоторых сборок. Как вариант, потратить дополнительные несколько часов и взявшись за MO(чтобы не переустанавливать игру всякий раз) собрать свою, по данному гайду.
p.s. SkyUI нужен для многих модов, так как у тех имеется своё MCM-меню для более гибкой настройки. На нексусе вроде бы был плагин для SkyUI, возвращающий старый интерфейс, без потери функционала SkyUI.