Для ModuleConfig.xml, чтобы не гадать, есть схема с описанием всех элементов и есть руководство по созданию FOMOD с иллюстрациями.
По своему скромному опыту хочу сказать, что я практически не встречал установочных пакетов FOMOD с ModuleConfig.xml, обычно, для сложных установщиков используются скрипты. FOMM поддерживает скрипты на C# и скриптовом языке OBMM, но, в отличие от FOMM, NMM поддерживает и OMOD, а в OMOD так же есть поддержка скриптов на Visual Basic и Python. Так вот, к чему я клоню, будет ли реализована поддержка скриптов?