Я сама не играю и стимом не пользовалась никогда, но как вариант, можешь выдрать папки из самой игры (с текстурами и мешами), до проверки. BSA не трогай только.
Либо в самом Конструкторе смотреть, именно эти пещеры, но это уже совсем будет сложно.
А плагинов столько на Скайрим поставил, что любая собака и в подмётки не годится. :)
Ретекстуры ставил вообще, на скалы а HD и тому подобное ?
Optimizer Textures
Да и если пещеры затронуты в плагинах, то можешь глянуть именно эти плагины.
В режиме консоли, мышкой пощёлкай на пустоте. Первые две цифры глянь в коде и сравни с номерами плагинов в Wrye Bash. Но с этими объединениями, у меня номера не совсем корректно вроде работали (было давно и точно не помню).
Да и сработает это, только если полностью не пропали объекты, а у тебя персонаж стоит на пустоте, значит пропали только текстуры.
Вроде бы всё, что на данный момент могу предложить.