Всё, сама разобралась
Оставлю здесь алгоритм своих действий, вдруг кому-нибудь понадобится:
1) импортировала в 3ds max стандартную модель глаз eyesmale.nif с отключенным параметром Weld Vertices
2) сконвертировала в Editable Mesh, изменила высоту и форму глаз в режиме редактирования вершин, НЕ МЕНЯЯ их количества
3) применила модификатор skin wrap и перенесла вес с уже отскиненной модели головы
4) экспортировала в nif c параметром Weld Vertices = 0, отредактировала параметры BsLightingShaderProperty, NiAlphaProperty
5) в Creation Kit / Character/ Head Part создала новый объект для глаз, в поле Model указала свой nif файл, в поле TRI прописала ванильный eyesmale.tri
6) Добавила эту модель к расе своего персонажа и сгенерировала FaceGeom (для этого в Creation Kit/Actors/Actor надо выделить запись своего персонажа и нажать Ctrl + F4)
После чего в Data\Meshes\actors\character\FaceGenData\FaceGeom появился новый объект (НАЗВАНИЕ_МОДА).esp/(НПС_ID).nif ,
в который записалась вся геометрия головы персонажа (голова, глаза, волосы и т.д).
Именно этот объект и используется в игре, так что каждый раз при необходимости поменять что-то в составляющих частях головы его надо генерировать заново
7) Можно запускать игру и любоваться результатом
Глаза нормально отображаются в игре и анимация моргания работает.