Объединяй одиночные моды без патчей совместимости и вообще которые имеют один esp без каких либо ещё файлов.
При таком количестве проблем может быть много.
Основные самые гнусные что приходят в голову - конфликт NavMesh путей навигации, когда несколько модов локации в одной ячейке, пришлось поотказываться от нескольких паков подземелий.
Перезапись перков, квестов, событий конфликтующими модами, можно ручками посовмещать.
Хорошим признаком конфликтов является скорость загрузки, если они есть то грузить может очень долго, если они исправлены то у меня с 321 модом создание новой игры грузит меньше минуты.