Если шум передается на аппаратном уровне, то кроме смены звуковухи ничего не поможет.
На Фрути лупс, все легко правится без этого, там щелчки и шум возникают из-за перегрузки процессора, если надо, могу подогнать инструкцию, как настроить ФЛ.
А для пост обработки я бы посоветовал Sony Sound Forge Pro 10, профессионально ПО для студий.