Если последний мод замещает файлы предыдущего, то никакой патч не поможет. Побеждать будет последний мод.
Точнее сделать-то патч можно, но делать его придется вручную, редактировать модели, возможно текстуры, возможно есп, и т.д..
Есть только один способ подключить сторонний мод в самой игре - скриптовый. Но его можно использовать только для какого-то конкретного мода, невозможно написать программу которая это будет делать по заказу, потому что она заранее не сможет определить когда и какой мод (вдруг) захочет подключить игрок. Учитывая сколько модов уже существует на Скайрим.