Наконец разобрался! Был винован свежеустановленный мод extended encounters, может он конфликтовал с чем-то, я не знаю. Дело в том, что я отключал все моды и проверял, пропадёт ли баг, но он не пропал и я решил, что моды здесь не причём. В общем, сейв уже не починить и остаётся только начать новую игру без этого мода.