Насколько я помню после "Цитадели" Геты были не единственными ИИ, просто от тех, что разработали Азари избавились раньше. Но сути это не меняет: становление синтетиков довольно скорое событие. Утренняя война была была быстрой, почти молниеносной, и только после конфронтации геты эволюционировали и развивались так, как им хочется. Т.е. сперва конфликт, потом пляски с бубном)))
Концовки запихнуть все равно не удастся под половик. Цитадель будет занята либо Катализатором, который уводит Жнецов из галактики вслед за собой (зеленая концовка при уцелевшей Цитадели), либо то же самое делает Шепард в случае синей. В любом случае Цитадели у нас просто нет.
Неизвестно, принимали ли участие во "взрыве" не открытые ретрансляторы, которых в галактике тоже хватало. По кодексу, после Рахнийских войн Совет наложил вето на расконсервацию новообнаруженных реле, что послужило причиной войны Первого Контакта. Т.е. не открытых реле (и в теории уцелевших) у нас тоже может быть полно. К тому же технологии не стоят на месте, и возможно будет изобретен способ пересекать быстро огромные пространства. На худой конец принцип можно слямзить у Жнецов, которые по Галактике умудрялись передвигаться вообще без использования ретрансляторов, и при этом провести захват большинства известных систем практически молниеносно.
Я имел в виду, то, что именно основной линией её лучше не надо. А от побочных или параллельных ветвей я и сам не откажусь :-D Например самый первый из напрашивающихся конфликтов - Кроганы. Политические пляски вокруг решения Шепарда и многочисленных последствий могут занять свое место в сюжете, но как и в оригинальной трилогии, их решать желательно попутно с основной проблемой.