Решение проблемы максимально абсурдное, но рабочее. Итак, чтобы заработали в игре иконочки фракции необходимо:
1. Переименовать папку "menus" на "Menus" (ИМЕННО С ЗАГЛАВНОЙ БУКВЫ). Странно конечно, но игра умеет понимать иконки для фракции только для директории с папкой Menus.
2. После этого необходимо в свою фракцию заново указать директорию файлика.
3. Сохранить изменения ЕСП
4. Проверить в игре.
Такая максимально абсурдная ситуация, я с ней столкнулся лет 8 назад, методом тыка и анализа ванильных фракций, мне удалось выяснить закономерность.
Алсо, размер иконки должен быть 128х128.