Хм, получается так. Может быть MGE юзает его автономно, так как в списках подключаемых шейдеров используемого мной мге его нет, но установив Improved Water Shader отдельно я вообще не увидел разницы до и после. Как вариант, для пущей красоты можно прикрутить разные эффекты, вроде блума, добавить насыщенности и прикрутить отражения на воде.
Чёрт знает, у меня такая проблема случалась, когда я врубал вертикальную синхронизацию и слишком "тяжелые" шейдеры. Лечилось отключением.