Канализация нужна как раз-таки для того, чтобы нечистоты сливать. То, что нам туалеты не показали, еще не говорит о том, что их нет . Стандартная "недосказанность". Вон трусы в Обливионе без плагинов тоже "пришиты".
Впрочем, я считаю, что построена она была не для "канализационных" целей, и разные гидро-какие-то-там приспособления туда добавили намного позже. Не тот размер: для стока нечистот и дождей нужны гораздо меньшие резервуары. Думаю, первоначально канализация - это какие-то пост-айлейдские руины, не знаю уж, кем и когда построены (на айлейдов не похожи).
Наличие таких зверюшек, как грязекрабы и крысы - это понятно. Сыро, отходы сваливаются, всегда темно, да еще и корм есть - разные объедки там же оказываются.
Гоблины, скорее всего, пришли в канализацию за своей излюбленной пищей - крысами. Увидели, что в канализациях для них относительно безопасно, вот и прижились.
Ну, вампиры - тут все понятно. В пределах города им прятаться опасно - мало ли, вдруг соседи заметят и сдадут охотникам? - вот и ушли в подполье.