Нет, если ты вырубил мод, зашел в игру с отключенным модом, сохранился, ввышел, подключил мод, зашел в игру, то квест начнется заново и иначе быть не может.
Самый верный путь создания плагинов, это по частям.
Например:
в первой части красивый домик
во второй части домику добавится квест
в третьей части домик увеличится
и т.д
То есть постепенно создание и наращивание вокруг основы.
Каждая часть окончена, так что если ты незакончишь например четвертую часть, 3 предыдущих все равно будут выглядеть цельными.