И при начале новой игры?
Стоит попробовать вообще отключить все моды, оставив DLC, если поможет, то нужно будет отрубать/врубать моды небольшими группами и искать виноватого.
Я в курсе. При установке оно как бы бэкапит текущее состояние Скурима, чтобы потом можно было его восстановить, т.е. основную папку Data скорее всего бэкапит целиком.