Коротко. FNIS - это программа, позволяющая использовать новые анимации, поэтому она необходима для последних.
Дополнение с анимациями, которое идет вместе с программой, можно и не использовать - просто не устанавливать.
GeneratorFNIS техническое средство программы, которое активирует добавленные анимации на основе FNIS. Запуск
этого средства необходим при каждом добавлении/удалении анимаций. XPMS не зависит от данной программы, но
поддерживает её. Только те модификации, которые имеют новые анимации, требуют наличие FNIS. Все возможные
конфликты обычно указывают на страницах модов либо в комментариях к ним, то же относится и к их решению.
Существуют моды, которые изменяют стандартные анимации, например, http://tesall.ru/files/file/4902-%D0%B0%D1%82%D0%BC%D0%BE%D1%81%D1%84%D0%B5%D1%80%D0%BD%D1%8B%D0%B5-%D0%B0%D0%BD%D0%B8%D0%BC%D0%B0%D1%86%D0%B8%D0%B8/ .
Есть моды, которые также могут работать вместе с FNIS: http://skyrim.nexusmods.com/mods/24286/
и http://skyrim.nexusmods.com/mods/28428/ .