Возникнет, в чистейшем виде! Но, поведение в игре, во многом будем зависеть от "состава" конфликтующий модов. Если это "объекты мира", то они будут задвоены, а если "события мира" (как квесты, сцены и т.д.) дублированы... И если первое практически не оказывает влияние на играбельность, то второе обязательно отразится!
На примерах это выглядит так, если мод добавляет меч и рецепт его создания в кузнице, то, в нашем конфликте, в кузнице будут два одинаковых рецепта, по которым можно получить два одинаковых, но не идентичных меча. Ну и бог с ними - похожесть мечей и "захламленность" рецептов ни на что не влияют!
А вот если мод содержит квест на охоту единорога, что получится? В зависимости от условий старта квеста - две записи в журнале, это самое безобидное. Придя на место охоты, с удивлением обнаружите вместо уникального единорога пару абсолютно одинаковых животных! И даже можете их не обнаружить, скажем она разбрелись, но вы не знали что их двое. Убив первого попавшего, вы можете ошибиться с "целью" и квест не будет засчитан. Убив второго, вы закроете первый квест, но зависнет второй дублированный, который, возможно, не начинался! Или они передрались между собой, поскольку респавнились в одной точке, то для вас оба квеста "потеряны"... Короче, бардак гарантирован"