LE или SE? В SE точно есть проблема если сохранение вырастает до 64 МБ, это исправляется модом SSE Engine Fixes. Возможно такое есть и в LE. Также есть предел ссылок на который напрямую влияет количество установленных плагинов, особенно больших квестовых если они не ESM. Это всё для SE, но в LE скорее всего также есть.
Ещё может быть предел строк в сохранении. Для этого тоже что-то есть, я не помню уже что. Какай размер у файла сохранения?