Ответ лежит прямо перед глазами:
Камней все-же ограниченное число (делаем скидку на ММО-особенности), а от момента событий игры до прихода Тайбера Септима прошло почти триста лет (поправьте, если ошибаюсь). Естественно, что за прошедшие годы коллекционеры, маги, воры и прочие растащили все и использовали. А теперь вспомните, сколько зачарованного оружия, доспехов и драгоценностей мы выносили из фортов, подземелий, святилищ, и бандитских лагерей в руинах, которые, как мы видим, наиболее активно использовались именно во время Войны Альянсов? Теперь каждый камень - такая же редкость как, например, айлейдские статуи.
Что же касается торговцев и прочих несоответствий - то тут мы имеем дело с пресловутой "игровой условностью" - невозможно адекватно отобразить в игре целый огромный город во всех его проявлениях. По сути, каждая игра дает нам лишь некий абрис того мира, которому принадлежит герой. Его ведут лишь по тем местам, которые имеют самое прямое отношения к его судьбе, а остальное выкидывают, ибо долго, дорого и ненужно. Поэтому нам показывают столицу Империи с шестью домиками, канализацию безо всякой связи с оными и состоящую из пары труб, и толпы ассасинов, культистов, гоблинов, воров, агентов и бандитов, которые составляют там конкуренцию крысам. Прочее может только подразумеваться.
Поэтому не стоит искать каджита в угольном подвале, когда его там нет.