Короче я выяснил, что единственный мод, который вызывал конфликты - это мод, заменяющий анимации бега с одноручным оружием. Удивительно, но ещё один мод, который заменяет анимации бега с луком таких проблем не вызывал. Из всех багов, что у меня были все решились. Добивать жуков я могу, залезть к Нелоту тоже, строители строят, а квест с книгой в шахте Вороньей Скалы я уже выполнил. Жаль, что до меня сразу не дошло, что в первую очередь конфликты с анимациями вызывают реплейсеры анимаций, хотя теперь это очевидно, тогда бы и игру не пришлось переустанавливать.