Напомню, главное требование для скриптов после слияния - компилировать их! При этом будет не просто перезаписана служебная информация, но и проверены на целостность все, используемые в скрипте, ссылки.
Наилучшим образом для этого подходит Construction Set Extender - он позволяет пере-компилировать сразу все скрипты загруженного мода...
Ну, а в случаях, когда ссылки все же поменялись, вам придется самостоятельно восстанавливать работоспособность скрипта... а значит, знания скрипто-писания необходимы!
***
Такой фокус конечно же будет работать, ведь Tes4Files специально для того и придуман, чтобы ничего не забыть перед упаковкой.
***
БСА - собственность беседки, и не является прямым аналогом архиваторов... скорее, аналог файлов dat...