Если квестовые маркеры в модах сбиваются, значит сейвы уже зафоршмачены. У меня такое не раз бывало, если несколько модов подключать по очереди, а сохранения, как известно, по мере прохождения растут и растут. Компаньон-дремора так не хотел работать, рангит не хотел, друида несколько раз приходилось перегружать до прочтеня книги пока маркер не засветился. Выход один. Собирать комплект нужных модов из тех, что не дерутся между собой, и с ними уже подключенными начинать новую игру. Это спасает фактически всегда. Когда моды постоянно записаны во всех сейвах, проблем с прохождениями типа маркеров и скриптов гораздо меньше.