Босс знает как расположить более 10000 модов, но не гарантирует, что обойдется без вылетов... поэтому, в описании к моду, принято указывать с кем он может конфликтовать. Поэтому файлы ридми (readme) тоже источник информации.
Опять же, параметры создания башед патча могут влиять на игру...
Но, раз уж ты использовал TES4Edit, то можно посоветовать применить его для поиска конфликта - просто загрузи в него весь список модов, включая башед патч. В результате, у тебя будет сводная таблица (по типу excel), где слева направо будет показан порядок перекрытия объектов в игре. В ней найдешь предметы, которые ты снимаешь и посмотришь, какие моды ее затагивают. Потом будешь делать выводы...
P.S. Если есть лог-файл босса, то выложи его...