1) от версии не зависит... зависит от версии Винды: на некоторых Вистах и Семерках, WB работает как-то странно...
***
2) если пакеты становятся красненькие, это означает ,что файлы которые из них установлены, изменены!... Это может быть преднамеренно (пакетом выше), тогда это нормально...а может непреднамеренно, если редактировать файлы Конструктором "по месту"... тогда это ненормально... поскольку после нормализации, все изменения будут утеряны...
***
3) сомневаюсь что, кто-то проводил такие эксперименты...
***
4) так не бывает... если снять галочку и провести нормализацию, то этот файл удаляется из папки Data. Если мод остался, то либо не было проведена нормализация, либо этот мод из другого пакета!... Смотрим внимательно на название пакета...
***
5) Актуальная версия, все моды определились... Что смущает в нем?