Так и должно быть, их позиция на персонаже не от анимации зависит.
Подобные операции, повесить одноручный меч за спину, выполнятся с помощью скрипта.
Например, вот в этом моде http://tesall.ru/file/order-oblivion-weapon/ реализованы два меча за спиной и вот в этом http://tesall.ru/file/nicos-gift/