Извиняюсь! Прозевал Ваш вопрос... Но возможно еще не поздно ответить...
------------------------------------------------------
1) Нет, другого метода нет. Именно так - снять флажок с пункта "Balo", а заодно с пункта "Запретить изменение дат". А потом вручную, лучше прямо в папке "Data", удалить все файлы начинающиеся на "++".
2) Применять одновременно не получится. Это две разные стратегии сортировки.
В целом, Вы правильно сформулировали принцип их работы. Отсюда и нюансы работы с ними. [indent]
BOSS предоставляет профессиональную помощь в сортировке уже "изученных" плагинов. Это незаменимо при установке нескольких популярных глобальных модов (ООО, МММ, FCOM). Но охватить все моды BOSS не в состоянии... Поэтому, каждый раз, внизу списка он оставляет "неопознанные" моды для ручной расстановки. Иногда этот список равняется половине списка Ваших модов и тогда это "заморочно". Причем, это "заморока" повторяется всякий раз, после сортировки BOSS...[/indent][indent]
Иная стратегия у Balo. Здесь предполагается самостоятельное присвоение групп и их автоматическая сортировка. Это позволяет получить четко структурированный список, легко "читаемый", и "зафиксировать" его, а также легко расставлять все новые моды. Но эта система требует от Вас четкого представления, что за мод Вы устанавливаете.[/indent]Какой из этих методов лучше, сказать трудно. Но сортировку BOSS можно смело рекомендовать начинающим игрокам, и всегда при установке глобальных плагинов... А вот Balo, пока, рекомендуется для продвинутых...
3) Если Вы используете Wrye Bash, положитесь, в вопросах импорта, на него. Он все это делает автоматически, при создании Bashed Patch. Просто дайте ему эту возможность... (выделить все моды и отметить пункт "Пометить объединяемые...")
После "Объединение патчей", становится возможным импортировать отдельные его категории. И тут рекомендуется пройти по всем разделам и проставить флажки для этого мода.